现在已知，氯消毒的不足主要表现为产生有害消毒副产物，而且对病毐的灭活能力相对较差，特别是发现自来水出水中存在隐孢子虫后，人们对氯消毒的灭活能力有了新的担心。已有的研究结果表明，超声与氯协同消毐可以很好地解决这两个问题。
  消毒副产物是氯化消毒过程中氯与被处理水中所存在的多种有机物发生反应而生成的。研究表明，腐殖酸（HA）和黄腐酸（FA）是地表水中有机质的主要成分，它们含有芳香类和酚类结构单元，而这些结构单元是氯化消毒过程中氯极易与之发生反应的部位。因而HA和FA被认为是饮用水氯化消毒过程中形成三卤甲烷（THMs）类有害消毒副产物的主要前体物。

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